Отдел рукописей и старопечатных книг является одним из крупнейших отечественных хранилищ памятников письменной культуры. К собиранию рукописей и книг старой печати Исторический музей приступил с момента своего открытия в 1883 г. К настоящему времени здесь хранится 41 коллекция, содержащая более 32,5 тысяч памятников письменности: греческие папирусы начала IV в. до н.э. — VII в. н.э., берестяные грамоты XI–XV вв. из первых находок в Новгороде (1951–1961 гг.), купленное в 1654 г. на Афоне по приказу царя Алексея Михайловича уникальное собрание греческих манускриптов VI–XVII вв., славянские рукописи XI–XX вв., в т.ч. Патриаршая (Синодальная) библиотека, печатные кириллические книги конца XV — ХХ в., грамоты высших церковных иерархов XVII в. и монастырские свитки. В фондах отдела рукописей хранятся такие всемирно известные памятники, как греческие лицевые Хлудовская Псалтирь (середина IX в.) и императорский Минологий (вторая четверть XI в.), древнерусские Изборник князя Святослава 1073 г., Мстиславово Евангелие (1103–1113 гг.), Юрьевское Евангелие (около 1119 г.), древнейший список русской летописи — I Новгородская летопись (вторая–третья четверть XIII в.), самые ранние списки Кормчих — Ефремовская (XII в.) и Новгородская Климентовская 1282 г., иллюминованная Симоновская псалтирь XIV в., приписываемое школе Андрея Рублева Андрониково Евангелие (начало XV в.), первая полная древнерусская Геннадиевская Библия (1499 г.), Минеи четьи митрополита Макария (1540-е гг.), Лицевой летописный свод Ивана Грозного, подписанная Восточными патриархами грамота об установлении патриаршества на Руси, следственное дело патриарха Никона, автографы протопопа Аввакума и документы Соловецкого восстания и др.
Решение выделить древние книги в специальный отдел рукописей и старопечатных книг было принято дирекцией музея в 1912 г. Специализацией отдела стало собирание рукописей и книг церковнославянской книжной культуры допетровского времени и старообрядческой традиции. Памятники нового времени (документы дипломатического, административного, хозяйственного, юридического характера, а также личные архивы, мемуары, переписка, автографы) были выделены и переданы на хранение в другой отдел музея — архив, ныне отдел письменных источников (ОПИ ГИМ). Обустройство отдела рукописей было закончено в 1914 г. 23 ноября 1914 г. состоялось освящение научного читального зала. Его мемориальный интерьер сохранен, и сегодня в нем проводят исследования ведущие отечественные и зарубежные ученые.
Основателем и первым заведующим отдела рукописей стал выдающийся русский палеограф и знаток древнерусской письменности профессор Вячеслав Николаевич Щепкин (1912–1920 гг., в Историческом музее с 1887 г.). Он принимал участие в проектировании помещений будущего отдела рукописей, заказывал оборудование для фондов и читального зала. Им была создана система научных каталогов отдела, заложена традиция всестороннего изучения и публикации здесь памятников книжной культуры. Его коллегами и продолжателями были выдающиеся ученые: академик М. Н. Сперанский (заведующий отделом в 1921–1929 гг.), Н. П. Попов, В. Ф.Ржига, А. Д. Седельников, В. Бубнова, академик М. Н. Тихомиров, М. В. Щепкина (заведующая отделом в 1954–1976 гг.). До недавнего времени в отделе работали ведущие отечественные филиграноведы и палеографы Т. В. Дианова и Л. М. Костюхина. Целая плеяда выдающихся исследователей и хранителей книги сделала из отдела рукописей Исторического музея научную лабораторию по изучению книжной культуры. Еще одним направлением работы отдела является активная выставочная деятельность, в результате которой перед посетителями раскрываются его уникальные рукописные и старопечатные фонды.
В результате ведущихся в отделе филиграноведческих исследований, имеющих давнюю традицию и подкрепленные сотрудничеством с ведущими европейскими институтами (международным обществом IPH, Австрийской АН, ИППИ РАН), в отделе рукописей создана научно-справочная база данных водяных знаков средневековой бумаги. Она была подсоединена к международному порталу Bernstein. Визуализация базы данных была сделана при участии специалистов Института космических исследований (ИКИ) РАН и НИЦ «Курчатовский институт», сотрудничество с которыми у отдела рукописей ГИМ началось в 2017 г. В рамках совместного проекта была создана лаборатория по применению естественнонаучных методов в исследовании угасших средневековых памятников письменности, где проводятся научные работы по визуализации текстов древних палимпсестов и греческих папирусов III в. до н.э. — VII в. н.э., потухших записей на древнерусских рукописях, угасших и осыпавшихся произведений средневекового искусства методами мультиспектральной съемки с последующей программной обработкой (метод CVA), а также нейронными сетями.
В 2001 г. после 15-летнего ремонта главного здания Государственного исторического музея и многочисленных переездов отдел рукописей вернулся в свои прежние помещения. С октября 2003 г. читальный зал вновь открыл свои двери перед учеными из разных стран. Сейчас в нем и на сайте для читателей доступен электронный каталог рукописей и старопечатных книг с расширенными поисковыми возможностями. В электронной библиотеке рукописей также размещены полностраничные цифровые копии более 200 рукописей преимущественно Синодального собрания. Работы по размещению здесь новых цифровых копий памятников продолжаются.
