Временно
закрыть

29 июля 1941 г. в Историческом музее был издан приказ, согласно которому было принято решение «временно закрыть для посетителей филиалы ГИМ в целях обеспечения сохранности музейных ценностей и целесообразного расходования государственных средств». Годы Великой Отечественной войны – единственный период, когда Покровский собор был закрыт на несколько лет.
С целью сохранности памятника и экспонатов щелевидные окна собора и колокольни, а также арочные проемы внешней обходной галереи были заложены кирпичом. На разноцветные главы Покровского собора нанесли камуфляжную окраску. Экспозиция музея была разобрана, ценные экспонаты спрятаны в хранилища, находившиеся в нижнем этаже собора – подклете. Реставрация собора была приостановлена, однако музейные сотрудники продолжали трудиться, участвовали в подготовке выставки в Историческом музее, посвященной героическому прошлому страны. В самом Покровском соборе деятельность сотрудников носила эпизодический характер: приводились в порядок служебные помещения, разбирались документальные материалы, хранившиеся на втором ярусе колокольни – архив реставрационных работ, рисунки, чертежи, фотокопии, которые были сняты с экспозиции. До середины 1942 г. в помещении колокольни располагались воинские подразделения. С 1945 г. музей начали готовить к открытию. Работать приходилось в непростой обстановке, так как штат сократился более чем в два раза.Сотрудники проверяли состояние экспонатов, укрепляли и реставрировали слюдяные фонари, паникадила, предметы из дерева и тканей, которые до войны располагались в экспозиции.

Уже в 1945 г. со стен и свода южного участка внутренней галереи был снят слой штукатурки с масляной росписью XVIII–XIX вв. и восстановлена фреска; из-под поздних записей раскрыли портал центральной церкви. Второй ярус собора впервые полностью оборудовали электроосвещением.
Весной 1947 г. в Покровском соборе восстановили разобранные на время войны все тябловые иконостасы, реконструкция которых началась в довоенное время. К открытию музея отремонтировали покрытие главы церкви Григория Армянского. Эти работы были вызваны необходимостью восстановления креста церкви, сломанного во время войны тросом аэростата. Зажигательными бомбами была также пробита глава церкви Варлаама Хутынского, а кровля собора повреждена осколками. 
За годы войны пришла в негодность отопительная система музея. Благодаря усилиям заведующего филиалом Г. С. Алексеевских она была полностью восстановлена, однако истопники не соглашались работать по причине         несоответствующей заработной платы. И тогда на работу был взят безрукий инвалид войны, исправно исполнявший свои обязанности на протяжении нескольких лет.

7 сентября 1947 г., в день 800-летнего юбилея Москвы музей «Покровский собор» вновь распахнул свои двери для посетителей. Однако в тот год музей принимал посетителей только до 9 ноября, после чего был закрыт «по техническим причинам». В неудовлетворительном состоянии оставалась кровля собора. Ремонт кровли и восстановление полихромной покраски всех глав собора завершили в 1952 г., но несмотря на продолжавшиеся ремонтные работы, 1 марта 1948 г. Покровский собор вновь был открыт для посещения.